Klasifikasi sistem alami dirintis oleh Michael Adams dan Jean Baptise de Lamarck. Sistem ini menghendaki terbentuknya kelompok-kelompok takson yang alami. Artinya anggota-anggota yang membentuk unit takson terjadi secara alamiah atau sewajarnya seperti yang di kehendaki oleh alam.
Klasifikasi sistem alami menggunakan dasar persamaan dan perbedaan morfologi (bentuk luar tubuh) secara alami atau wajar. Contoh klasifikasi sistem alami sebagai berikut.
a. Berdasarkan cara geraknya: hewan berkaki, hewan besayap, dan hewan besirip.
b. Berdasarkan penutup tubuhnya: hewan bersisik, hewan berbulu, hewan berambut, dan hewan
bercangkang.
Adapun pada tumbuhan ada kelompok tumbuhan biji berkeping satu dan berkeping dua.
